Logo de recoller máis de 2300 mostras de ARN de SARS-CoV-2, o proxecto entra na segunda fase
“Se entendemos como evoluciona e se transmite poderemos combatela eficazmente”, asegura David Posada
Transcorridos catro meses desde o seu inicio, un período centrado na posta a punto e optimización dos protocolos de secuenciación do xenoma completo do SARS-CoV-2 e na recollida de máis de 2300 mostras de ARN do virus de toda Galicia, o proxecto Epicovigal entra na súa segunda fase, a de traballar no seu obxectivo principal, que é a monitoraxe xenómica en tempo real da pandemia en Galicia, “o que permitirá entender que está a pasar”, explica o catedrático da UVigo e coordinador do proxecto, David Posada. Asi mesmo, ata decembro, cando o proxecto rematará, as investigadoras e investigadores que participan no proxecto secuenciarán as mostras xa recollidas para entender que ocorreu: cando e como entrou o virus en Galicia, como circulou en cada momento dadas as medidas sanitarias, etc.
Mais de 40 integrantes de 11 equipos dos tres institutos de investigación sanitaria de Galicia (INIBIC, IDIS e IISGS), dos sete servizos de Microbioloxía dos centros hospitalarios de referencia das sete áreas sanitarias do Sergas, incluíndo ademais aos tres centros singulares de investigación da Xunta, ás tres universidades do SUG e ao Centro de Supercomputación de Galicia forman parte deste consorcio único en Galicia. “Ata onde eu sei, só os grupos de investigadores e facultativos que integramos Epicovigal estamos preparados nestes momentos para secuenciar o xenoma completo do SARS-CoV-2 en Galicia”, sinala Posada, que explica que “por sorte, a secuenciación deste virus é bastante sinxela, polo menos para alguén con experiencia en xenómica. O xenoma SARS-CoV-2 con 30.000 letras é grande para un virus de ARN, pero extremadamente pequeno se o comparamos cos xenomas cos que traballamos habitualmente, por exemplo, o humano ten 3000 millóns de letras, é dicir, é 100.000 veces maior”. Por outra banda, a análise dos xenomas SARS-CoV-2, polo menos ata o punto de identificar as variantes, é tamén bastante sinxela, pero o que si require máis adestramento é a interpretación no contexto evolutivo, ou a análise fina das cadeas de transmisión, capacidades que si ten o consorcio, no que a multidisciplinariedade é, segundo o seu coordinador, un dos seus puntos fortes.
Por iniciativa dos seus integrantes, o consorcio comezou a xestionarse desde o primeiro momento da pandemia e tras acadar financiamento do Fondo Supera Covid da Crue/Banco de Santander/CSIC e da Axencia de Coñecemento en Saúde da Xunta de Galicia, Epicovigal botou a andar coa motivación principal “de desenvolver capacidades útiles ao coñecemento en xeral, pero sobre todo á sociedade galega. Queríamos que Galicia estivese preparada para responder, no que respecta á epidemioloxía xenómica, cando fora necesario”, detalla Posada.
Análise xenómica para combater o virus de xeito eficaz
A secuenciación do xenoma dos virus que circulan por Galicia, en distintas áreas xeográficas e ao longo do tempo, é prioritario, inciden desde o consorcio, non só para detectar a aparición de variantes con novas propiedades (por exemplo máis transmisibles, máis virulentas ou capaces de escapar en maior ou menor medida á resposta inmunolóxica inducida polas vacinas), senón para entender como e cando se transmitiu e se transmite o virus, con que velocidade, en que circunstancias, e no contexto das medidas de saúde pública en Galicia. “A escala local, a análise dos xenomas do virus pode contribuír de xeito significativo a esclarecer a natureza e orixe dos gromos, identificar e ordenar as cadeas de transmisión, e en definitiva, axudar a entender o comportamento do virus en escenarios particulares”, detalla o coordinador do proxecto, para quen “só se entendemos como evoluciona e como se transmite SARS-CoV-2 poderemos combatelo de xeito eficaz”.
Neste sentido, Posada lamenta que, mentres Reino Unido leva xa máis de 250.000 xenomas e Dinamarca secuenciase unha gran porcentaxe dos seus casos, “finalmente e máis vale tarde que nunca”, o Ministerio de Sanidade e a UE recoñecesen a relevancia da epidemioloxía xenómica. O catedrático da UVigo agarda agora a ver como se coordinan estas novas iniciativas co consorcio Epicovigal, “que por suposto colaborará no que poida, tendo en conta que o seu marxe de manobra está limitado polo orzamento actual (o proxecto remata en decembro). O director do Centro Nacional de Microbiología e o Servizo de Epidemioloxía da Xunta xa nos contactaron, pero polo de agora, non sei máis nada”, revela Posada.
Detalle das achegas de Epicovigal nos seus primeiros cinco meses
Desde setembro de 2020 ata agora, o consorcio centrouse na posta a punto e optimización dos protocolos de secuenciación do xenoma completo do SARS-CoV-2 mediante a técnica de Illumina, “primeiro no noso laboratorio de Cinbio na UVigo e a continuación nos servizos de Microbioloxía de Vigo, A Coruña e Santiago”, detalla o coordinador do proxecto. Pola súa banda, o laboratorio de José Tubío no Cimus-USC, tamén parte do consorcio, xa puxera a punto a técnica de Oxford Nanopore no verán, e foron os primeiros en secuenciar un xenoma de SARS-CoV-2 en Galicia. “Así, fomos quen de reducir o custo de cada xenoma ata un 60%. E, tamén recollemos máis de 2300 mostras de ARN do virus en toda Galicia, extraídas de marzo a xaneiro, grazas ao inmenso labor dos servizos de Microbioloxía dos complexos hospitalarios de A Coruña, Ferrol, Lugo, Santiago, Pontevedra, Ourense e Vigo”, enumera David Posada.
A semana pasada, algúns nodos desta plataforma multimodal de secuenciación xenómica do SARS-CoV-2 pasaron a secuenciar de xeito “rutinario” e os resultados dos xenomas de xaneiro-decembro xa se poden ver na web do proxecto. Non obstante, Posada advirte que se debe ter “moito coidado á hora de interpretar estes resultados. Polo de agora, a mostraxe do virus en Galicia non é aleatorio. Había moito interese en confirmar mostras sospeitosas de seren variante británica que se incluíron nesas análises. As frecuencias que vemos agora mesmo das distintas variantes non teñen porque corresponderse coas reais na nosa comunidade. Non polo momento”, explica o catedrático, que apunta que agora cómpre moverse cara unha mostraxe aleatoria do virus, que si proporcione unha foto máis fiable da frecuencia das variantes que circulan en Galicia en cada momento.
Un balance “inmellorable” e un recoñecemento aos grandes heroes da pandemia: os sanitarios
Posada fai un balance ata o de agora de Epicovigal “que non pode ser mellor. Todos os membros do consorcio traballaron duro, con intensidade e eficacia. En catro meses, creo que entre todas e todos acadamos algo do que debemos estar satisfeitos”. O coordinador do proxecto recoñece o grande esforzo extra que para todas as persoas que integran o consorcio entraña a súa participación neste proxecto, pero tamén ten claro que “Galicia é o noso país, a nosa xente e, xa que sabiamos que debiamos facer algo útil, e dado que podiamos facelo tiñamos que facelo, non hai máis”.
Non obstante, o maior recoñecemento de Posada vai dirixido aos sanitarios “obviamente os grandes heroes desta pandemia, e parece que ultimamente esquecémonos deles. O meu labor, desde logo, non ten punto de comparación co que fan os sanitarios, desde os que toman as mostras, aos que fan as PCR,s, coidan e tratan pacientes, pasando por todas e cada un dos profesionais que traballan no noso sistema sanitario. Eu estou quentiño no meu despacho, non corro perigo algún, e non miro sufrimento ao meu arredor”, reflexiona.
